Esta pesquisa discute como a atuação do Sistema de Controle Interno municipal é afetada pelo sistema integrado de administração financeira e controle (SIAFIC). A maior estruturação dos sistemas de informação facilitaria a integração de dados no mesmo órgão e a consolidação entre dados de órgãos diversos (ex. administração direta e autarquias). A partir de fatores condicionantes da atuação do Controle Interno levantados na literatura, realizou-se uma observação participante em um município do estado de Minas Gerais e em seguida entrevistas em profundidade com a função de controle interno em outros 6 municípios de diferentes níveis de estruturação do sistema de informação contábil. Os casos observados indicam que a atuação da equipe de analistas do controle interno pode ser significativamente inviabilizada em municípios com SIAFICs que não são estruturados, dada dificuldade de acesso a dados em um nível de detalhes e em tempo real, impedindo a identificação e análise de não-conformidades. Adicionalmente a dependência de terceiros (ex. contador das autarquias) para a obtenção de informações detalhadas é um desafio para atuação do SCI. As evidências sugerem que a maior estruturação do SIAFIC do ente deveria ser conjuntamente considerada em projetos que visem a implantação ou fortalecimento do Controle Interno em municípios.